Charlotte est un projet original avec la collaboration d'Aniplex, Key,et P.A. Works. Il est écrit par Jun Maeda, le scénariste de Angel Beats! Cette histoire est centrée sur le quotidien un peu particulier de Yuu Otosaka qui vit dans un monde où un faible pourcentage de la population est capable d'utiliser des pouvoirs spéciaux. Yuu, est un étudiant de première année, membre du conseil des élèves, bref, il est tout ce qu'il y a de plus normal, mais seulement en apparence car en effet, il est capable de prendre possession d'un organisme au choix pendant seulement cinq secondes. Il va faire la rencontre de Nao Tomori, la présidente du conseil des élèves. Cette dernière est capable de se rendre invisible, mais seulement aux yeux d'une seule personne. Après divers événements entre Yuu et Nao, ils vont tous les deux profiter pleinement de leurs pouvoirs en rencontrant divers étudiants eux aussi capables de les utiliser.